4. 자율관리 보세구역에 대한 세관의 감사
세관장은 자율관리 보세구역 운영인이 자율점검표를 제출하지 아니하거나, 제출 기한 미준수 또는 제출한 자율점검표 등에 대한 심사 결과 자율관리 보세구역의 운영관리가 적정하지 아니한 것으로 판단되는 경우에는 보세구역의 운영실태 및 보세사의 관계 법령 이행 여부 등을 확인하기 위하여 별도의 감사반을 편성(외부 민간위원을 포함할 수 있다)하고 연 1회 7일 이내의 기간을 설정하여 정기감사를 하여야 한다.
자율 관리 보세구역에 대한 정기감사를 수행하는 경우 담당 세관장은 감사실시 근거 관계 법령, 감사목적, 감사 기간, 담당 공무원, 감사 범위 및 업체 준비사항 등을 명시한 내용의 문서를 사전에 통보하여야 하며 담당 공무원은 보세구역 출 무시에 신분증을 제시하는 등 세관 행정의 공정성·투명성 및 효율성을 높이고, 보세구역 운영의 권익 보호 차원에서 다음과 같은 행정조사기본법 제11조, 제17조, 제18조 및 제22조의 규정에 따라 현장 조사 사전통지 등의 제반 규정을 준수하여야 한다. 다만, 조세에 관한 사항과 행정조사를 긴급히 하여야 할 필요가 있다고 세관장이 인정하는 경우에는 사전 통보 없이 감사를 시행할 수 있으며 이 경우에도 세관공무원의 권한을 나타내는 증표는 제시하여야 한다.
5. 감사 결과의 조치
세관장은 감사 결과 보세구역운영인의 자율관리 실태가 미흡하거나 관련 규정을 하고 그 결과를 관세청장에게 아니 할 때에는 시정명령 등 필요한 조치를 하고 그 결과를 관세청의 장에게 보고하여야 한다.
세관장은 운영인 등과 보세 사가 보세화물 에는 사안에 따라 경고 처분 등의 조치를 할 수 있을 처분을 하였을 때는 한국관세물류협회장에게 통보하여야 보세 사가 보세화물관리에 관한 의무사항을 불이행한 때 경고 처분 등의 조치를 할 수 있으며, 이 경우 보세 사에 경고
6. 관계 서류의 보존
자율 관리 보세구역 운영인 등은 영 제3조 제 1항 제3호에 따라 해당 보세구역에서 반출입된 화물에 대한 장부(마이크로필름·광디스크 등 자료 전달 매체 포함)를 2년간 보관하여야 한다.